本实用新型提供了一种分子蒸馏系统,其包括蒸馏模块、第一收集模块、第二收集模块;其中,蒸馏模块包括依次串联的N个蒸馏器;各蒸馏器包括进料口、轻组分出口和重组分出口;前一个蒸馏器的重组分出口通过重组分输送管路与后一个蒸馏器的进料口连接;第一个蒸馏器的进料口与原料进料管路连接;第一收集模块包括中间馏分收集罐,中间馏分收集罐通过轻组分出料管路与各所述蒸馏器的轻组分出口连接;第二收集模块包括产品储罐,产品储罐与第N个蒸馏器的重组分出口通过重组分出料管路连接。该系统既能实现常规分子蒸馏仪的蒸馏效果,又可避免系统清洗时的拆卸重组,能简易、便捷、高效地对其进行清洗,在连续生产和设备维修维护方面具有极大优势。